יד יצחק בן־צבי היא מוסד מחקר, תרבות וחינוך הפועל על פי חוק מיוחד של הכנסת משנת תשכ"ח 1969, הנושא את שמו של נשיאה השני של מדינת ישראל. תפקידיו העיקריים של המוסד הם: חקר קהילות ישראל במזרח, חקר תולדות ארץ ישראל, חקר ירושלים והנחלתם לציבור הרחב.
מתחם יד יצחק בן־צבי בשכונת רחביה בירושלים שימש משכן הנשיא בשנים 1971-1953, ובו נמצאים צריף הנשיא – אתר מורשת לאומי, מכוני מחקר, ספרייה, ארכיון תמונות, הוצאת ספרים ובית הספר ללימודי ירושלים.
מכון בן־צבי לחקר קהילות ישראל במזרח הוא מפעל משותף של יד בן־צבי והאוניברסיטה העברית העוסק ביהודי ספרד ויהודי ארצות האסלאם. המכון הוקם ב־2 בדצמבר 1947 בידי יצחק בן־צבי, שהרבה לחקור ולכתוב על אודות הקהילות היהודיות במזרח. בן־צבי ביקש להקים מכון מחקר בין־לאומי אשר יעשיר את הידיעות אודות הקהילות היהודיות בארצות האסלאם ויפעל להנחלת הידע במערכות החינוך והתרבות בארץ ישראל. המכון פועל להגשמת חזונו של בן־צבי על ידי ארגון כנסים בין־לאומיים וימי עיון בשיתוף טובי החוקרים בתחום בארץ ובעולם, באמצעות פרסום ספרים ומאמרים אקדמיים, כתיבת תוכניות לימודים והוצאה לאור של כתב העת 'פעמים' – כל אלו עוסקים בתולדות יהודי המזרח, בחייהם וביצירתם הספרותית והתרבותית.
המכון לחקר ארץ ישראל ויישובה הוא הזרוע המחקרית של יד יצחק בן־צבי בתחום לימודי ארץ ישראל, אחד מתחומי מחקריו של הנשיא בן־צבי. מטרות המכון: להעמיק בציבור את תודעת רציפותו של היישוב היהודי בארץ ישראל; לטפח את חקר תולדות היישוב; לקדם את חקר ירושלים; לשקף את אישיותו של יצחק בן־צבי כנשיא המדינה ואת פועלו בתנועה הציונית, בתנועת העבודה, ביישוב ובמדינה. המכון מוציא לאור מחקרים בתחום תולדות היישוב בארץ ישראל, ספרים וכתבי עת ('קתדרה' ו'עת־מול') לחקר ארץ ישראל ועם ישראל, וכן מקיים ימי עיון וכנסים בין־לאומיים בשיתוף מיטב החוקרים בתחומיו מהארץ ומהעולם.
לצד מכוני המחקר ולשם הנחלת הידע לציבור הרחב, אנו מקיימים בכל שנה עשרות קורסים וכנסים ומאות הרצאות וסיורים ברחבי הארץ. בית הספר ללימודי ירושלים מקיים סיורים ופעילויות למערכת החינוך ולכוחות הביטחון, לצד הכשרות ייחודיות למורי דרך ולמדריכים. בית הספר מפיק חומרים ותוכניות לימוד ומשמש כתובת מרכזית לכל גורם המעוניין בלימוד ירושלים.
ספריית יד בן־צבי פתוחה לקהל הרחב ומתמחה בשני נושאים עיקריים: תולדות ארץ ישראל ויישובה וקהילות ישראל במזרח. ברשות הספרייה ספרים מחקריים, קהילתיים ותורניים של קהילות מגוונות, ספרים נדירים, כתבי עת, מסמכים ומפות. ארכיון התמונות ע"ש שושנה ואשר הלוי מכיל מאות אלפי תמונות המשקפות את תולדות העם היהודי בתפוצותיו ואת תולדות ארץ ישראל ותושביה במאה וחמישים השנים האחרונות. בשנים האחרונות מובילה יד יצחק בן־צבי מיזמי מורשת לאומית בהובלת המחלקה לאוצרות ולתיעוד חזותי, ובהם: 'ישראל נגלית לעין' – מיזם לתיעוד אוספי תמונות משפחתיים והנגשתם לציבור; 'ארץ חפץ' – תיעוד נכסי המורשת במוזיאונים הלא־מוכרים ברחבי הארץ והנגשת אוצרותיהם לקהל הרחב; סקר אמנות הקיר – תיעוד יצירות אמנות על גבי קירות במרחב הציבורי ברחבי הארץ.
