מכון בן־צבי לחקר קהילות ישראל במזרח הוא מפעל משותף של יד יצחק בן־צבי והאוניברסיטה העברית בירושלים. ייעודו של המכון הוא חקר תולדות יהודי ארצות האסלאם בספרד, במזרח התיכון ובאפריקה בכל התקופות.
יצחק בן־צבי יזם את הקמתו של מכון אקדמי לחקר ההיסטוריה של יהודי ארצות האסלאם במזרח התיכון ולשימור נכסיהם הרוחניים והתרבותיים. המכון הוקם ב־2 בדצמבר 1947, מייד לאחר ההחלטה בעצרת האו"ם על הקמת מדינה יהודית בארץ ישראל.
מאז הקמת יד יצחק בן־צבי פועל המכון במסגרתה להגשמת ייעודו בדרכים מגוונות:
א. ארגון ימי עיון וכנסים מקומיים ובין־לאומיים בשיתוף חוקרים מהארץ ומהעולם;
ב. פרסום מונוגרפיות וסדרות ספרים בתחומי פעילותו;
ג. קידום המחקר ועידוד חוקרים צעירים;
ד. מתן מענקי מחקר ופרסים למחקרים בתחומי ההיסטוריה והתרבות של יהודי ארצות האסלאם;
ה. הוצאה לאור של כתבי העת 'פעמים' ו'ספונות'.
ו. הנחלת פירות המחקר העדכניים לציבור הרחב באמצעות הרצאות וכנסים.
הפעילות הענפה והשיטתית של מכון בן־צבי תרמה ליצירת תשתית ידע על תולדות הקהילות ועל קורותיהן בתחומים מגוונים. ברשות המכון אלפי תעודות כתבי יד נדירים משלל קהילות, השמורים כיום בספריית יד בן־צבי. במכון בן־צבי פועלים כיום שלושה מרכזי מחקר:
המרכז לתיעוד יהודי צפון אפריקה בתקופת מלחמת העולם השנייה; המרכז לחקר יהדות בוכרה; מרכז עודד וטוני אלישר לחקר היהודים הספרדים בארץ ישראל (בשיתוף עם המכון לחקר ארץ ישראל ויישובה). נוסף לכך, במסגרת המכון פועל מרכז "קדמתה" – פורום החוקרים הצעירים של מכון בן־צבי.
במסגרת המכון הוקם "אנסמבל הפיוט", המבצע שירת קודש עברית ממרחבים שונים בצפון אפריקה.
פעילותו המגוונת של מכון בן־צבי מוקדשת כולה לתולדות יהודי המזרח, צפון אפריקה וארצות האסלאם, לחייהם וליצירתם הספרותית והתרבותית.