דון יצחק אברבנאל (1508-1437), 'ספרא וסייפא' היה מגדולי חכמי ספרד בדור הגירוש. לבד מהיותו תלמיד חכם מופלג, חריף ובקיא בתורת ישראל לתחומיה, היה בן-בית בפילוסופיה ובמדע. אברבנאל נודע גם כמדינאי, ושימש בתפקיד שר האוצר בממשלותיהם של כמה ממלכי אירופה וביניהן ממלכות ספרד ופורטוגל. אברבנאל חיבר עשרות ספרי הגות, אך גולת הכותרת של כתביו היא ביאורו ל'מורה נבוכים' של הרמב"ם, החיבור הפילוסופי החשוב ביותר בעולמה של יהדות ימי הביניים, אשר חולל מהפכה ועמד במוקד של פולמוסים וסערות.
'נבוכים הם' עוסק בקוראי 'מורה הנבוכים' באופן שטחי. פרשנים רבים ביקשו לפרש את דבריו של 'הנשר הגדול', הרמב"ם, אך פרשנותם הגבירה ביתר שאת את זעמם של חוגים רבניים כלפיו, והדברים הגיעו עד כדי החרמת 'מורה נבוכים'. דון יצחק אברבנאל יצא למסע שתכליתו להגן על הרמב"ם מפני הקוראים הנבוכים, ומיניה וביה כיוון חיצי ביקורת נגד פרשניו האחרים של 'מורה הנבוכים'. לטענתו, רק קריאה בעין בלתי משוחדת, מתוך עיון מעמיק ושליטה מוחלטת במכלול תורתו של המורה הגדול, עשויה להוביל את הקורא להבנה נכונה של דבריו ואף של כתבי הקודש.
'נבוכים הם' פוסע בנתיבותיו של אברבנאל, בסוגיות המרכזיות שעמדו בלב ליבה של הפילוסופיה היהודית: סיפורי גן עדן, מעמד הר סיני ומתן תורה, נבואה, מעשה בראשית, מעשה מרכבה, ועוד נושאים שעמדו בעין הסערה.
'נבוכים הם' הוא המחקר הראשון שדן בביאורו של אברבנאל ל'מורה הנבוכים', תוך השוואה לספריו האחרים של אברבנאל. הספר פותח צוהר המאפשר להביט דרכו בדברי הרמב"ם על פרשניו השונים, ובה בעת חושף לראשונה את דרכי הפרשנות ואת שיטות ההגנה וההתקפה שנוקט אברבנאל בביאורו. כן ניבטות מן החיבור הטלטלות המחשבתיות העזות שעברו על אברבנאל עצמו במהלך חייו.