לפני כעשרים וחמש שנים קיבלה יד בן–צבי את הזכויות לחדש את סדרת ספרי ירושלים מידי מוסד ביאליק והוצאת דביר. הוצאת ספרי ירושלים הנו פרויקט המשותף ליד בן-צבי ולאוניברסיטה העברית בירושלים.
עד היום יצאו לאור הכרכים הבאים (לפי סדר הופעתם):
ספר ירושלים — התקופה המוסלמית הקדומה 1099—638, תשמ"ז. העורך: יהושע פראוור. כרך זה תורגם לאנגלית, נערך בידי חגי בן–שמאי ויצא לאור בשנת תשנ"ו.
ספר ירושלים — התקופה הצלבנית והאיובית 1250—1099, תשנ"א. העורכים: יהושע פראוור וחגי בן–שמאי.
ספר ירושלים — התקופה הרומית והביזאנטית 638—70, תשנ"ט. העורכים: יורם צפריר ושמואל ספראי.
ספר ירושלים — תקופת המקרא, תש"ס. העורכים: שמואל אחיטוב ועמיחי מזר.
ספר ירושלים – התקופה העות'מאנית המאוחרת 1800 – 1917, תש"ע. העורכים: ישראל ברטל וחיים גורן.
ספר ירושלים — התקופה הממלוכית. העורכים: יוסף דרורי ואיבון פרידמן.
ספר ירושלים — תקופת בית שני, תש"ף. העורכים: ישעיהו גפני, רוני רייך ויהושע שוורץ.
בעבודת הכנה נמצאים הכרכים הבאים:
ספר ירושלים – התקופה העות'מאנית המוקדמת. העורכים: ירון בן נאה ואמנון כהן.