במאי 1960 נחטף אדולף אייכמן על ידי שליחי המוסד הישראלי ממקום מחבואו בבואנוס איירס והובא לישראל לשם העמדתו לדין. עדויותיהם של ניצולי מחנות ההשמדה שנשמעו במשפט עוררו מחדש את אימי השואה במלואם וחוללו סערת רגשות בציבור הישראלי. הייתה זו אחת הפעמים הראשונות שבהן נשמעו עדויות הניצולים, המשפט הביא לשינוי דרמטי ביחס החברה הישראלית לשואה ולניצולי השואה.
בסוף שנת 1961 נידון אייכמן למיתה. עם תום המשפט היה גורלו של אייכמן נתון בידיו של נשיא המדינה, יצחק בן-צבי, שכן כצפוי, בקשות חנינה הופנו אל לשכתו. בין הפונים היה אייכמן עצמו שכתב: 'לא נכון שהייתי אישיות רמת מעלה עד כדי כך שהייתי יכול לחלוש, או שהייתי חולש באופן עצמאי, על רדיפת היהודים. מעולם לא שמשתי בדרגת שירות כה גבוהה שהייה צריכה להיות כרוכה בסמכויות מכריעות ועצמאיות כל כך. לא נתתי שום פקודה בשמי שלי, אלא תמיד פעלתי 'בפקודה'.
על אף החששות שהוצאתו להורג של אייכמן תביא להתעוררותם של גופים ניאו-נאצים בחו"ל ולמעשי נקמה ביהודים, היה בן-צבי נחוש בדעתו שעל אייכמן לשאת בעונש הכבד ביותר.
ב-29 במאי 1962 התקבל בבית הנשיא מכתב חתום בידי עשרים אנשי רוח ובראשם הפילוסופים מרטין בובר והוגו ברגמן, שביקשו מבן-צבי למנוע את ההוצאה להורג: 'אין אנו מבקשים על נפשו, כי יודעים אנו שאין איש הראוי פחות ממנו לרחמים, ואין אנו באים לבקש ממך חנינה לו. אנו מבקשים את החלטתך [למנוע את הצאתו להורג] למען ארצנו ולמען עמנו'.
בן-צבי כעס כעס רב על המכתב. דעת הקהל בארץ התנגדה למתן חנינה לאייכמן ורבים פנו אל הנשיא והביעו התנגדותם. ב-30 במאי דחה בן-צבי את בקשות החנינה וכתב: 'לאחר שנתתי את דעתי לכל החומר שהיה לפני, הגעתי לכלל מסקנה כי אין כל הצדקה להעניק לאדולף אייכמן חנינה או להמתיק את העונש שהוטל עליו על ידי בית המשפט'.
בשולי פנייתו של אייכמן רשם בכתב ידו את דבריו של הנביא שמואל על אגג מלך עמלק: 'כאשר שכלה נשים חרבך כן תשכל מנשים אמך'. יום לאחר מכן, ב-31 במאי 1962, הוצא אייכמן להורג בתלייה בכלא רמלה. גופתו נשרפה ואפרו פוזר בים התיכון.
